1202（建仁2）年、源頼家が寺域を寄進し、臨済宗の開祖である栄西が開いた京都最古の禅寺で京都五山のひとつ。境内には南北一直線に三門、法堂、方丈の伽藍が並び、方丈前庭や中庭、○△□乃庭など枯淡を感じる庭園が美しい。

足利義満が1379（康暦元）年に建立した宝幢寺の開山塔が寺院の起源。応仁の乱で宝幢寺は廃絶したが、鹿王院は唯一残ったとされる。
明治時代に再建された客殿から眺められる、嵐山を背景に広がる枯山水庭園が見もの。客殿の内部には2020年4月に完成したオークの葉脈がテーマの襖絵が飾られており、こちらも必見。

京都最古と伝わる神社の一つであり、紀元前90年には神社の玉垣を修造した記録が残る。
境内に広がる糺の森は神秘的な空気に包まれており、カエデやケヤキなどの木々が森を赤や黄に染め上げる。見頃は12月上旬から中旬にかけてと比較的遅く、ゆったり紅葉鑑賞が楽しめる。