檜皮葺（ひわだぶき）の本殿は貴船神社奥院旧殿を移築したもので、大黒天、弁財天、毘沙門天の三神が祀られている。2023（令和5）年に、本殿の修復が完了。
本殿の前には幣殿、拝所、回廊が並んでおり、屋根を入り組ませながら独特の景観を形成している。また、さまざまな動物や霊獣の彫刻装飾が施された社殿は、京都市内でも珍しいという。このような特徴から、本殿や幣殿、拝所、回廊などの8ヶ所は京都指定有形文化財となっている。

［瀧尾神社］の拝殿にお参りする際には、ぜひ天井を見上げてほしい。
そこで目に飛び込んでくるのは、悠々と天を泳ぐ木彫りの龍。全長8mにも及ぶ龍の彫刻は、江戸時代後期の彫刻家、九山新太郎の作品とされる。
今にも動き出しそうなほど生き生きとした龍の姿は、迫力満点だ。なんと「龍が夜な夜な水を飲みに動き出す」と噂が立ったため、金網を張って閉じ込めたという逸話まであるのだそう。

参拝の記念として、龍のおみくじをいただこう。愛らしい見た目の龍に、思わず笑みが零れそうになる。
彫刻とおみくじ、それぞれ異なる表情を見せる龍から、開運のご利益を授かって。