三千院は天台宗五ヶ室門跡の一つ。782～806年（延暦年間）に伝教大師最澄が、「円融房」と称される一堂を比叡山の三塔十六谷のひとつである東塔南谷に堂を建て「円融房」と称されたのが起こりと伝わる。国宝・阿弥陀三尊像を安置する往生極楽院（重要文化財）が建つ有清園は、杉木立と苔が美しい名庭として知られる。山々に囲まれた同院では四季折々の風景を堪能できる。新緑の時期には苔の絨毯と青もみじ染まる有清園が一際美しい。
例年11月中旬から下旬にかけて紅葉し、もう一つの庭園である聚碧園ではカエデが鮮やかに色づく。また敷き詰めた苔に赤や橙の葉が降り積もる姿は格別の美しさを誇る。