平安時代に藤原良房が創建した寺院が前身と伝えられる。その後衰微し、秀吉により日蓮宗の寺院として復興した。毎年3月末～4月初に「桜まつり」が開催され、山門をくぐると境内は桜の花に包まれる。墨染寺の寺名は、境内に咲く「墨染桜」にちなむ。平安時代の太政大臣・藤原基経が亡くなった際に、友人の歌人・上野岑雄（かみつけのみねお）が「深草の野辺の桜し　心あらば　今年ばかりは墨染に咲け」と詠んだ。すると「桜の花に心があるのなら、今年ばかりは墨染に咲いてほしい」という思いが通じたのか、墨染色の花が咲いたという言い伝えがある。
現在は四代目となる桜の若木が、小さく薄墨色をした花を咲かせている。